具体的にはgThumbという画像ビューアをインストール後に複数のパッケージが削除されてしまいました。
以下が削除されたと思われるパッケージです（この他にもあるかもしれませんが一応自分が確認出来たものです。ソフトウェアセンター自身も削除というのがなんとも＾＾；）
gnome-app-install（ソフトウェアセンター）
gnome-themes-extras（Gnomeテーマ及びアイコン）
Tomboy（メモソフト）
gnome-utils（スクリーンショットの取得等のツール）
gnome-games（ソリティアやチェス等のゲーム）
gcalctool（電卓）
gucharmap（文字マップ）
rhythmbox（ミュージックプレイヤー）
gdebi（debファイルインストール用のシンプルなツール）
network-manager-gnome（ネットワーク管理）
gconf-editor（設定エディタ）
metamorphose（リネームソフト）※ローカルパッケージよりインストール
これらを全てSynapticパッケージマネージャにてインストールし直しました。
更にデフォルトでインストールされていたかは不明ですが、下の三つのパッケージもインストールしました。
gnome-core（GNOME デスクトップ環境必須コンポーネント）
gnome-desktop-environment（GNOME デスクトップ環境）
gnome-system-tools（GNOME用のクロスプラットフォームな設定ユーティリティ）
Google Chromeもアプリケーションメニューよりアイコンが消失したため再インストールしました。
とりあえず環境的には元に戻ったのですが、一部のテーマで、外観の設定＞テーマ タブで表示されるウインドウ・メニューの部分のアイコンがブランク状態のままです。機能的には問題無いのですが、GTK+エンジンやテーマの再インストールを試してみても現在のところ元に戻っていません。
ソフトウェアセンターはグラフィカルでパッケージがカテゴライズされていて検索もしやすいのですが、どうもパッケージの依存関係の扱いが上手くないようです。更に自分の環境では分類＞インターネットを選択するとソフトウェアーセンターが落ちてしまいます。
いずれ改善されるとは思いますが、今のところソフトウェアセンターでは検索までとして、パッケージのインストール自体はSynapticパッケージマネージャを使用した方が良さそうです。
